Suomen Suunnistusliiton varsinaisia jäseniä eli suunnistusta harrastavia urheiluseuroja on lähes 360. Liitännäisjäseniä ovat alueyhdistykset, joita on 14. Useimmat suunnistusseurat ovat jonkin alueen jäseniä.
Jokaisella on oikeus perustaa suunnistusseura ja seuralla on oikeus liittyä Suunnistusliiton ja sen alueen jäseneksi. Liittyminen tapahtuu lähettämällä liittoon vapaamuotoinen kirjallinen jäsenhakemus. Vuonna 2015 Suunnistusliiton jäsenmaksu on jäsenseuroilta 120 euroa.
Suunnistusliiton alaisten seurojen jäsenet saavat osallistua IOF:n jäsenliittojen alaisiin avoimiin kilpailuihin. Kansalliseen kilpailuun osallistuminen vaatii liiton jäsenseuraan kuulumista ja kilpailuluvan eli lisenssin lunastamista Suunnistusliitosta IRMA-järjestelmän kautta.
Suunnistusliitto palvelee jäsenseurojaan 4-6 kertaa vuodessa ilmestyvällä sähköisellä seurakirjeellä, jossa kerrotaan liiton ajankohtaisista asioista. Liiton jäsenseurojen kaikki vapaaehtoistyön tekijät on vakuutettu mahdollisen tapaturman ja vastuuvahinkojen varalta Pohjolan Tuplaturvavakuutuksella.
Seurajäsenmaksuun sisältyvät myös seurojen pääsymaksuttomissa tapahtumissa ja kilpailuissa esitetyn musiikin Teosto- ja Gramex-maksut (Jukolan viestiä lukuunottamatta).
Suunnistusliiton jäsenseuralla on oikeus hakea kansallisia, SM- ja kansainvälisiä kilpailuja järjestettäväkseen.